Seine Mitglieder sind Einrichtungen aus Verwaltung, aus den Euroregionen aus Sachsen und Tschechien sowie Vertreter der Wirtschafts- und Sozialpartner, Die Mitglieder des Begleitausschusses sind in der Geschäftsordnung definiert. Der Begleitausschuss tagt in der Regel viermal jährlich, alternierend auf sächsischer und tschechischer Seite. Die Sitzungen sind nicht öffentlich.

Mit der fristgerechten Einreichung des Projektantrages entsteht kein Anspruch auf die Behandlung im darauffolgenden Begleitausschuss. Das Datum der Sitzung gilt lediglich als Orientierung.